Výzkumní pracovníci se již leta
snaží zjistit, ve kterém okamžiku
jsou "spouštěcí molekuly" viru
HIV nejcitlivější vůči účinkům
nových léků. Za pomoci Národního
střediska pro superpočítačové aplikace
(NCSA) a společnosti Silicon
Graphics, Inc. se skupině vědců na
newyorské univerzitě Stony Brook
přesně tohle podařilo.
Při práci v systému SGI Altix byly
vytvořeny počítačové simulace, díky
nimž lze nahlédnout do mechanismu
proteinázy HIV. To je molekula, dělící
proteinový řetězec před vznikem
HIV na úseky, ze kterých se nakonec
vyvine zralý virus. Vědci doufají, že
jim model vývoje proteinázy HIV
pomůže objevit nejlepší léčiva, která
by byla schopna zabránit molekule
v činnosti, a tím zcela předejít vzniku
viru HIV. Pokusy však nebyly schopny
prokázat, jakým způsobem se léky
dostávají k aktivnímu místu poblíž
ohniska proteinázy, avšak při simulacích
prováděných v systému SGI
Altix byly odhaleny přechodné stavy,
při kterých se vazba otevře a zpomalovač
tak může proniknout dovnitř.
Co je však důležitější, vědcům
se podařilo zachytit proteinázu ve
třetím, plně otevřeném stádiu, jehož
existence se již dříve předpokládala,
avšak nikdy nebyla přímo zjištěna.
Simulace vědeckých pracovníků ve
Stony Brook patří mezi nejrozsáhlejší
práce, jaké kdy byly v oblasti proteinázy
HIV provedeny. Jednotlivé
simulace modelovaly pouze padesát
nanosekund chování - méně, než
za jak dlouho světelný paprsek urazí
patnáct metrů - což však stačilo
týmu profesora Simmerlinga na to,
aby dokázal vytvořit nebývale přesný
model proteinázy HIV. Pomocí
systému SGI Altix mohou výzkumní
pracovníci z univerzity Stony Brook
vymodelovat molekulu proteinázy
HIV a zjistit, ve kterém okamžiku
jsou "spouštěcí molekuly" HIV nejcitlivější
vůči novým lékům. U molekuly
proteinázy HIV lze určit tři stavy:
otevřený, polootevřený a zavřený. /šek/
