Nová technologie umožňuje přesnou extrakci RNA pro účely NGS z formalínem fixovaných vzorků tkání v parafinových bločcích (FFPE)
Společnost Covaris, Inc. představila přístroj truXTRAC FFPE RNA Kit. Inovace umožňuje extrahovat vysoce kvalitní RNA, vhodnou pro sekvenování nové generace (Next Gen Sequencing) (NGS), ze vzorků tkání fixovaných formalínem v parafinových bločcích (FFPE). Kvalita pro NGS je dosažena využitím patentované technologie společnosti Covaris s názvem Adaptive Focused Acoustics® (AFA) doplněné optimalizovaným systémem reakčních činidel. Metoda extrakce truXTRAC FFPE RNA využívá vysoce řízenou, cílenou akustickou energii pro odstranění parafínu ze vzorků tkání fixovaných formalínem v parafínových bločcích (FFPE) bez použití organických rozpouštědel a umožňuje tak efektivní a rychlou opětovnou hydrataci tkáně, digesci tkáně, zrušení kovalentní vazby (crosslink reversal) a uvolnění nukleonové kyseliny.
Díky tomuto pokročilému postupu umožňuje přístroj truXTRAC FFPE RNA získat více vysoce kvalitní RNA, která je okamžitě k dispozici pro složité rozbory v oblasti molekulární biologie. Například lepší schopnost amplifikace je klíčovým parametrem pro vytváření efektivních knihoven NGS a metoda truXTRAC FFPE RNA přináší vyšší kvalitu sekvenování a umožňuje nové klinické aplikace.
Generální ředitel společnosti Covaris, Jim Laugharn, poznamenal: „Analýza transkriptomu se stává běžným nástrojem pro posuzování progrese onemocnění. Klinické laboratoře ve stále větší míře spoléhají na RNA získané ze vzorků FFPE, ale nedostatečná kvalita RNA získané tradičními postupy neumožňuje, aby byla využita pro klinické účely. Unikátní postup společnosti Covaris pro přesnou extrakci RNA má skvělé předpoklady ke splnění požadavků klinických aplikací v oblasti citlivosti a analýzy, zejména pokud jde o sekvenování nové generace."
Klinické vzorky tkání jsou často stabilizovány formalínem v parafínových bločcích (FFPE), aby zůstala zachována histologie, zatímco biochemická analýza je až na druhém místě. Extrémní fixace formalínem a nepříjemná dehydratace řezů tkání stabilizovaných formalínem v parafínu v minulosti představovaly technický problém, aby mohla být provedena přesná precizní extrakce RNA použitelná pro sekvenování s NGS. Kromě toho tento postup vyžadoval zdlouhavé metody a komplikované pracovní postupy v klinických laboratořích. Přístroj ruXTRAC FFPE RNA Kit společnosti Covaris přináší snadnou technologii přípravy vzorků a umožňuje spolehlivé, opakovatelné a rychlé metodické postupy, které klinické laboratoře vyžadují.